本文利用中国流动人口动态监测调查（CMDS） 2017年数据，分析在全民医保背景下，不考虑重复参保时参加不同基本医疗保险对Kakwani指数测度的农民工相对不平等的影响。研究发现：城职保、城居保显著改善了农民工的相对不平等，而新农合则加剧了农民工的相对不平等。进一步采用工具变量和PSM方法解决内生性问题，以及采用分位数回归、替换关键被解释变量，并分不同群体、流动范围分析之后，城职保和新农合的影响作用依然稳健，而城居保在部分模型中不显著。分位数回归结果表明，新农合仅扩大了低收入农民工的相对不平等，城职保仅改善了低收入农民工的相对不平等，而城居保对高收入、低收入农民工的相对不平等均存在改善作用。究其原因主要是，不同医疗制度的受益公平性（医疗服务利用、医疗费用报销比）存在差异，城职保的受益公平性好于城居保和新农合，而城居保的受益公平性又略好于新农合。