重点生态功能区是全球生态系统保护与支撑人类可持续发展的核心区域。农户作为重点生态功能区生态保护的主体，其福祉水平直接关系到重点生态功能区主体功能的实现。科学评估重点生态功能区农户的相对贫困程度，精准识别相对贫困人口并揭示其影响因素对于促进重点生态功能区生计与生态协同发展至关重要。以地处秦巴山重要水源涵养区与生物多样性生态功能区的陇南山区为案例区，基于可持续生计分析框架，利用农户调查数据，通过构建相对贫困测度指标体系，系统识别相对贫困农户，并利用分层线性模型在“家庭-村庄”双重尺度上探索相对贫困的关键影响因素。结果发现：(1)陇南山区农户相对贫困程度存在分化，其中，高山区农户、补贴型农户和高家庭抚养比农户相对贫困程度较高。相对贫困农户占受访户的20.39%,且主要集中在高山区、家庭抚养比较高以及补贴型农户中。(2)农户的家庭属性是导致农户陷入相对贫困的决定性因素，脱贫内生动力及生计多样性提升是缓解相对贫困的关键因素，而医疗负担和教育负担增加会导致农户陷入相对贫困。(3)村庄特征放大了家庭特征对相对贫困程度的影响，村庄自然条件、社会经济条件、对外联系等通过影响家庭特征而强化了对农户相对贫困程度的影响。